Kiểm nghiệm vi sinh thực phẩm để phát hiện mầm bệnh truyền qua thực phẩm và vi sinh vật hư hỏng góp phần đảm bảo sự an toàn vệ sinh thực phẩm. Các vi khuẩn chức năng (ví dụ như probiotic) cũng phải được theo dõi trong quá trình sản xuất và trong sản phẩm