Hệ thống sắc ký điều chế hoạt động dựa trên nguyên lý của sắc ký lỏng hiệu năng cao. Trong đó, các chất được tách ra khỏi hỗn hợp dựa trên sự phân bố khác nhau của chúng giữa hai pha không trộn lẫn, trong đó pha động là một chất lỏng chảy qua pha tĩnh